Између 1941. и 1945. године, за време фашистичке окупације, Италија је анектирала највећи део Косова и Метохије, делове Македоније и Грчке и прикључила их такозваној Великој Албанији, која је била италијански протекторат, краљевским указом од 12. августа 1941. Немци заузимају косовскомитровачки, лапски (подујевски) и вучитрнски срез, па у саставу окупиране Србије под Миланом Недићем остају и Трепча и Косовска Митровица, док мање делове источног Косова заузимају Бугари, део гњиланског среза, део витинског краја, Качаник и Сиринићку жупу. Немци преузимају окупацију италијанске зоне од 1943. због капитулације Италије.[18]
Од Албанаца су формиране јединице помоћне полиције, у градовима 20-30, а селима 10-15 људи. У већим местима су италијанске квестуре са 30-40 полицајаца. Од Албанаца Италијани формирају и батаљон фашистичке милиције, и засебне полувојничке добровољачке јединице. Италијани укупно имају око 20.000 војника, 5 000 полицајаца и 5 000 наоружаних Албанаца, припадника разних квислиншких формација. Италијани се приказују као ослободиоци Албанаца, ствараоци Велике Албаније. У ту сврху уводе албански језик у управи и школству, и дозвољавају употребу албанске заставе.[18]
Немци на свом подручју формирају албанску жандармерију од 1 000 Албанаца, а још организују и око 1 000 добровољаца по селима. Бугарски окупатор почиње у свом подручју бугаризацију, а окупациона посада се састоји од 2 батаљона.
Током рата на терену Косова и Метохије деловале су много мање партизанске јединице него у осталим деловима земље. Велике репресалије, тежак живот под италијанском окупацијом, одвођење у логоре и на принудни рад су учинили своје. Такође, током Другог светског рата на територији Косова деловале су и четничке јединице Косте Миловановића Пећанца.
Срби на Косову окупацију доживљавају као губитак слободе, док Албанци слом Краљевине Југославије примају као олакшање свог положаја. Због тога је у току читавог рата КПЈ била неуспешна у покушају да масовно придобије Албанце за борбу против окупатора, што утиче на стање на К. Због терора окупатора и албанских квислиншких банди, већи део Срба се сели у Црну Гору и Србију већ убрзо по почетку окупације. С њима одлази и око половина комуниста, па се тиме оријентишу на мање акције, саботаже и припреме за устанак.
Од 1945. до 1952. године на територији Косова и Метохије деловале су групе разбијених балиста (остатака албанских окупационих снага). У борби са њима учествовале су јединице ОЗНА-е и УДБА-е које су најчешће у појединачним окршајима разбиле остатке балиста док се одређени број извукао и сакрио у иностранству, док се један број њих предао и прикључио Брозовим партизанским јединицама.
Обласни комитет КПЈ за Косово и Метохију средином 1941. ствара Војни комитет. Прва диверзија је на жичари за превоз руде између Старог Трга и Звечана ноћу 17. на 18. јул 1941. Та група оснива копаонички НОП одред 25. јула 1941, који делује углавном ван територије К. У октобру 1941. оснива се и Метохијски НОП одред. Ипак, веће акције се не врше на К. све до почетка 1943, када постаје активнији НОП одред Зејнел Ајдини формиран крајем 1942.
Формирају се још Шарпланински позадински НОП одред октобра 1942, Шарпланински НОП одред новембра 1942, Карадачки НОП одред јануара 1943. и Емин Дураку НОП одред јануара 1943. априла 1943. погибају Боро Вукмировић и Рамиз Садику, чланови ЦК КП. Упркос свим напорима, до коначног ослобођења Југославије, на Косову и Метохији није било слободне територије и партизани делују у врло тешким условима.
После капитулације Италије, Немци окупирају Албанију и К. Немци прокламују поштовање независне и слободне Албаније, и да долазе као ослободиоци албанског народа од италијанског ропства. Немци формирају квислиншке организације Другу призренску лигу 16. септембра 1943. и Косовски пук (Regjiment Kosova) крајем 1943. Косовски пук уништава отпор и становништво на подручју Урошевац-Приштина-Косовска Митровица-Пећ-Призрен.
Немци и балисти средином фебруара 1944. почињу напад на јединице НОВ на К. и успевају скоро да униште Главни штаб НОВ за К. и пратећу чету. Тек средином 1944. долази до масовнијег развоја устанка и од јуна се формира укупно око 7 бригада НОВ, под именом косовско-метохијске бригаде. У октобру 1944. почело је повлачење немачке војске (група армија Е) из Грчке преко К., и почела је косовска операција, којом је требало уништити главнину немачких снага. У томе се није успело, али је подручје ослобођено после повлачења Немаца у новембру 1944.
Међутим, у децембру 1944. долази до масовне побуне Албанаца против НОВ и Југославије у већем делу Косова. Најтеже борбе су вођене у Дреници, а затим у Урошевцу, Гњилану и Косовској Митровици. Тако 2. децембра 1944. штаб НОВ и ПО за К. ангажује против Дренице 3. и 7. косовско-метохијску бригаду, 25. бригаду 46. дивизије, Ибарски НОП одред и делове 3. и 5. дивизије НОВ Албаније. Пошто то није било довољно да се смири побуна“ касније је ангажовано свих 8 к.-м. бригада, 46. дивизија, и 3. бригада 22. дивизије. Како су борбе и даље трајале, Врховни штаб НОВ и ПОЈ формира 52. дивизију 8. фебруара 1945. године од к.-м. бригада, и уводи војну управу за подручје Косова и Метохије, под командом Сава Дрљевића.Тим мерама је тек у марту 1945. сломљен отпор Албанаца.
У току Другог светског рата, делови Косова и Метохије су били опустошени, а српско становништво поубијано, расељено,[20] или послато у концентрационе логоре. Погинуло је најмање 6200 људи из области Косова и Метохије.
