1996. године, албанска терористичка организација ОВК, започиње сукобе са Полицијом Србије, нападима из заседе на патроле или мање полицијске станице. Ово се 1998. претвара у прави рат, када су се терористички напади на регуларне снаге безбедности проширили на целу Покрајину. Ово је довело до жестоке реакције полиције и укључивања војске у сукоб.[21] У овом рату почињени су многи злочини и на српској и на албанској страни. Након дипломатских притисака САД и ЕУ на СР Југославију да повуче војне и полицијске снаге из Покрајине и омогући Албанцима већи степен аутономије, дошло је и до отворених претњи НАТО бомбардовањем. У октобру 1998. председник СРЈ Слободан Милошевић са америчким изаслаником Ричардом Холбруком постиже споразум о распоређивању посматрачке (верификаторске) мисије Оебса на Косову и Метохији и повлачењу дела војних и полицијских снага чиме је привремено отклоњена опасност од НАТО бомбардовања.[21] И поред овога, терористички напади ОВК се настављају. Након Случаја Рачак у јануару 1999. долази до нових претњи бомбардовањем од стране НАТО-а и западних земаља. У фебруару 1999. одржана је мировна конференција позната као Преговори у Рамбујеу, на којој су учествовали представници власти СРЈ, косовских Албанаца, ЕУ, САД и Русије. Након три недеље преговора није постигнут никакав споразум. Ово је за САД и ЕУ био послењи покушај да се косовска криза реши мирним путем па су упутили отворени ултиматум властима СРЈ да доћи до НАТО бомбардовања уколико не прихвате предлог споразума из Рамбујеа, којим је предвиђено војно присуство НАТО снага у земљи и аутономија Косова и Метохије која се граничила са независношћу (предвиђен је референдум о независноси за три године).Након што је СРЈ ово одбила, 24. марта уследило је НАТО бомбардовање, противно међународном праву (без сагласности Савета безбедности ОУН). Бомбардовање је окончано након 78 дана Кумановским споразумом и Резолуцијом 1244 Савета безбедности ОУН. Након спровођења овог споразума, преко 200.000 Срба и других неалбанаца напустило је Косово и Метохију у страху од албанског насиља. ОВК је и након окончања сукоба наставила да чини злочине над српским цивилима.
